重庆市药物种植研究所始建于1937年，是国内唯一成建制专业从事中药材种植研究的公益一类科研机构，是中国医学科学院药用植物研究所重庆分所，也是全国中医药文化宣传教育基地、国家中医药优势特色教育培训基地、国家中医药健康旅游示范基地、国家3A级景区。主要职责是：开展药物种植研究，促进卫生事业发展；药用动植物资源调查及收集；动植物野变家种；病虫害防治；提高中药材质量、产量和标准化研究，开展生产与开发。

研究所编制150名，其中国务院政府特殊津贴专家3人、神农学者1人、“西部之光”访问学者2人、重庆英才青年拔尖人才1人、“重庆英才创新创业示范团队”3个、重庆市学术技术带头人1人、南川区“金山英才”12人，并柔性引进林瑞超院士科研团队和宋经元专家团队。

研究所在建1个国家级科研平台，建有4个省部级科研平台、4个省部级科技服务平台和1个博士后科研工作站、1个重庆市陆生野生动物救护站、1个“全国名老中医药专家（刘正宇）传承工作室”、1个“肖波专家工作室”（云南省科技厅批准）。建有1个国家级、4个市级重点学科。

研究所累计开展项目1100余项，在全国首创天麻野生变家栽、人工活麝取香等技术；主持或参与发布标准166项，发表科研论文近1200篇、主编参编专著85部，获得国家级科技成果奖4项、省部级科技成果奖60项，拥有有效专利34件、地理标志证明商标2项，发布植物新物种113个以及数十个新分布植物，拥有天麻、黄精等200余种中药材种（养）殖成熟生产技术。

研究所本部位于重庆市南川区三泉镇，占地1400余亩，其中基地面积1000余亩，科研用房2.8万㎡（含1.2万㎡在建工程）。拥有洋芋坪（海拔1500-1750m）、槐坪（海拔500-850m）、华尔寺（海拔600-800m）及所本部重庆药用植物园四个科研与物种保存及科普展示基地，种植药用植物2000余种。建有生药标本馆和腊叶标本馆，馆藏生药标本5000余份、腊叶标本35万余份，其中模式标本200余份。