1997年—2010年

1997年

8月6日，四川省中医药研究院药物种植研究所成建制划转重庆直辖市，更名为“重庆市药物种植研究所”。

9月12日，药研所与涪陵太极集团签订协议，药厂每年生产加工“急支糖浆”200万瓶，盈利达60万元。

1998年

6月，药研所按政策将南川西支路28套、仙龙塘7套、龙湖小区3套住房全产权出售给了职工。

8月7日，药研所遭遇特大洪灾，造成直接经济损失达20.79万元。

2003年

5月，重庆双叶药业与制药厂资产重组建立重庆天晓制药有限公司，药研所占10%股份；双叶集团占90%股份。

2004年

5月25至26日，德国巴伐利亚农科院中药栽培研究主任乌尔力西、鲍默教授考察团一行8人来重庆药研所进行学术交流活动。

2008年

2月，重庆天晓制药有限公司改制重组为重庆科瑞集团，成立 “重庆科瑞东和制药有限责任公司”，药研所仍占10%股份。

2010年

7月，重庆市药物种植研究所被列为国家中药学继续教育基地。